企业合并是指被合并企业（指一家或多家不需要经过法律清算程序而解散的企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（以下简称合并企业），为其股东换取合并企业的股权或其他财产，实现两个或两个以上企业的依法合并为一个企业的法律行为。合并可以采取吸收合并和新设合并两种形式。吸收合并是指两个以上的企业合并时，其中一个企业吸收了其他企业而存续（对此类企业以下简称“存续企业”），被吸收的企业解散。吸收合并可以用下列关系式表示：A（不含B）＋B=A（包含B），其中为A企业吸收B企业，B企业解散。新设合并是指两个以上企业并为一个新企业，合并各方解散。新设合并可以用下列关系式表示：A＋B=C，其中为A企业与B企业合并成立C企业，A、B企业解散。
　　同样，被合并企业在合并中要将资产转让过渡给合并企业，其资产转让价与账面价值之间存在差额，对这部分差额如何征税，是需要税法予以界定。国家税务总局《关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》（国税发〔2000〕119号）规定，企业合并，通常情况下，被合并企业应视为按公允价值转让、处置全部资产，计算资产的转让所得，依法缴纳所得税。被合并企业以前年度的亏损，不得结转到合并企业弥补。合并企业接受被合并企业的有关资产，计税时可以按经评估确认的价值确定成本。被合并企业的股东取得合并企业的股权视为清算分配。
　　举例：A公司由于所购置的生产设备落后陈旧等原因，经营效益一直不好，又不愿再投入新的资金，公司股东打算将公司转让或让其他企业兼并。经评估，A公司现有账面净资产200万元，公允价值500万元。现B公司欲兼并A公司，B公司正在考虑采用两种方式兼并：支付现金收购合并和支付股权收购兼并。那么，两种方法有什么区别呢？
　　假如采取支付现金500万元给A公司股东的方式合并，则A公司股东不在B公司享有任何权益，A公司需要确认资产转让所得300万元（500－200），并要按规定缴纳企业所得税99万元（300×33%）。
　　如果B公司采取支付自己的股权给A公司股东的方式实现合并的话，则税收处理就不同了。A公司解散时，可以不必确认资产转让所得300万元，不需要缴纳企业所得税，我们称之为“免税合并”。国家税务总局《关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》（国税发〔2000〕119号）规定，合并企业支付给被合并企业或其股东的收购价款中，除合并企业股权以外的现金、有价证券和其他资产（以下简称非股权支付额），不高于所支付的股权票面价值（或支付的股本的账面价值）20%的，经税务机关审核确认，当事各方可选择按下列规定进行所得税处理：
　　（1）被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。被合并企业合并以前的全部企业所得税纳税事项由合并企业承担，以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补。具体按下列公式计算：某一纳税年度可弥补被合并企业亏损的所得额＝合并企业某一纳税年度未弥补亏损前的所得额×（被合并企业净资产公允价值÷合并后合并企业全部净资产公允价值）。
　　（2）被合并企业的股东以其持有的原被合并企业的股权（以下简称旧股）交换合并企业的股权（以下简称新股），不视为出售旧股购买新股处理。被合并企业的股东换得新股的成本，须以其所持旧股的成本为基础确定。但未交换新股的被合并企业的股东取得的全部非股权支付额，应视为其持有的旧股的转让收入，按规定计算确认财产转让所得或损失，依法缴纳所得税。
　　（3）合并企业接受被合并企业全部资产的计税成本，须以被合并企业原账面净值为基础确定。
　　分析上述规定可以发现，此中的“免税合并”实际上是暂时不纳税，并不是真正意义上的免税。因为“被合并企业的股东换得新股的成本，须以其所持旧股的成本为基础确定”。同时，“合并企业接受被合并企业全部资产的计税成本，须以被合并企业原账面净值为基础确定”，即B公司接受A公司的资产必须以账面净值200万元作为计税基础，结转成本或折旧摊销。
　　需要注意的是，“免税合并”中设定了一个非股权支付额不能超过股权面值20%的比例，如果存在20%以下的非股权支付额的话，“未交换新股的被合并企业的股东取得的全部非股权支付额，应视为其持有的旧股的转让收入，按规定计算确认财产转让所得或损失，依法缴纳所得税”。
　　假如，被合并公司A公司法人股东原持有A公司投资成本为45万元。在合并中，换取取得合并公司B公司的股权支付60万元（面值），并另外取得现金10万元。
　　分析：股东取得的全部交换价值为70万元（600000＋100000），所放弃的旧股计税成本为45万元，蕴含的增值为25万元（70－45），非股权支付额10万元，占所支付的股权价值60万元的16.67%，不足20%，符合“免税合并”条件。那么，与取得现金10万元补偿相对应的应确认的所得为：25÷70×10＝3.57（万元）。因此，原A公司股东取得B公司的60万元价值股权的计税成本为：45－10＋3.57＝38.57（万元）。假设股东随即以60万元转让这部分股权的话，将实现转让所得21.43万元（60－38.57），加上非股权支付额10万元确认的3.57万元所得，正好等于A公司原股权增值25万元。